LinksMateで複数枚のSIMカードを契約している場合、それぞれのSIMカードごとにMNP転出できますか？

はい、それぞれのSIMカードごとにMNP転出ができます。

マイページ内の「MNP予約番号発行・確認」よりMNP転出する電話番号を選択してMNP予約番号の発行をお申し込みください。

・MNP予約番号発行・確認
https://linksmate.jp/mypage/mnp/

なお、同一のご契約グループ内にSIMカードが複数ある場合、1枚目のSIMカードのMNPの転出が完了してから2枚目のSIMカードのMNP予約番号の発行が可能となります。